Détermination de la résistance aux médicaments chez les patients atteints du VIH

Détecter la résistance aux médicaments chez les patients atteints du VIH, dans le but de rechercher la cause de l’échec virologique sous traitement antirétroviral et de prédire la réponse sous traitement antirétroviral.

La résistance aux médicaments est estimée par des tests de génotypage qui amplifient et séquencent les molécules d’ARN du VIH-1 ou du VIH-2 en utilisant des amorces spécifiques du VIH-1 ou du VIH-2. Le génotype fait référence à la séquence nucléotidique des protéines virales qui sont directement ou indirectement ciblées par les médicaments antiviraux. Les médicaments actuellement disponibles ciblent soit les protéines virales transcriptase inverse, protéase, intégrase, enveloppe, capside, soit les récepteurs cellulaires CD4 ou CCR5. Les tests génotypiques de résistance aux médicaments actuellement disponibles sont limités aux gènes qui codent pour la protéase, la transcriptase inverse, l’intégrase et/ou la boucle V3 de l’enveloppe. 

La séquence d’acide nucléique virale est déterminée et traduite en une séquence d’acides aminés, qui est comparée à une séquence consensus de référence afin de détecter les mutations qui sont ensuite interprétées en un profil de résistance par des logiciels spécialisés.

Les virus dont la séquence d’acides aminés est comparable à celle des virus trouvés chez les patients non traités sont généralement considérés comme étant de type sauvage et sensibles aux médicaments antiviraux. Les différences génétiques (mutations) entraînant des modifications des acides aminés sont considérées comme associées à la résistance aux médicaments lorsqu’elles réduisent l’efficacité antivirale d’un médicament particulier. Au cours de l’interprétation génotypique, les modifications des acides aminés observées qui devraient avoir une signification biologique et clinique sont répertoriées pour chaque médicament antiviral et converties en un score de résistance pour chaque médicament spécifique.

Le sous-type du VIH peut être déduit de la séquence de l’acide nucléique viral, ce qui peut être pertinent pour certaines classes de médicaments.

Les tests de résistance du VIH aux médicaments ne peuvent être effectués que dans le cadre du suivi des patients infectés par le VIH-1 et/ou le VIH-2, confirmé par l’un des LRS, et de préférence accompagné d’une demande de charge virale ou d’une charge virale connue. Les résultats des tests de résistance aux médicaments sont complexes et nécessitent une interprétation experte si l’on veut les utiliser avec succès dans l’orientation thérapeutique. C’est pourquoi ils ne seront réalisés que chez les patients enregistrés dans un Centre de référence VIH (CRV) ou suivis par un médecin collaborant étroitement avec un CRV ou un LRS.
 

Patients naïfs de tout médicament :

• Les tests de résistance aux inhibiteurs de protéase, de transcriptase inverse et d’intégrase sont recommandés au moment du diagnostic, afin de détecter la présence d’une résistance médicamenteuse transmise et de mieux comprendre les changements génétiques qui se produisent lors d’un échec thérapeutique ultérieur.
• À moins qu’il n’y ait un risque élevé  de résistance préexistant, les résultats de la résistance aux médicaments ne doivent pas retarder l’initiation du traitement de première ligne. Il est important de tester le premier échantillon disponible pour ce test de résistance aux médicaments de base.
• Si le test n’a pas été effectué lors du diagnostic, il est toujours recommandé de le faire avant d’initier le traitement.
• Les LRS fournissent des tests génotypiques de résistance aux médicaments contre les inhibiteurs de protéase, de transcriptase inverse et d’intégrase pour tous les patients naïfs de médicaments en Belgique, dans le cadre de notre service de diagnostic pour les patients atteints du VIH, mais aussi dans le cadre de nos fonctions de surveillance en tant que laboratoire de référence.

Patients exposés aux antirétroviraux :

• Les tests génotypiques de résistance aux médicaments contre la protéase, la transcriptase inverse et les inhibiteurs d’intégrase sont indiqués en cas d’échec thérapeutique  lorsqu’un changement de traitement est envisagé.
• Il est recommandé de procéder à un test de co-récepteur avant de commencer un antagoniste du CCR5.

Autres circonstances exceptionnelles :

• Contactez votre LRS pour plus d’informations. 

Les tests de résistance sont caractérisés par une limite de détection plus élevée que la limite de quantification des tests de charge virale. Par conséquent, il est possible qu’aucun résultat ne soit obtenu en cas de charge virale basse, ou que les résultats obtenus soient représentatifs de la population virale.

Le VIH existe chez les personnes infectées sous la forme d’une quasi-espèce complexe dans laquelle peuvent coexister de nombreuses sous-populations différentes de variants sauvages et résistants aux médicaments.

• Si l’échantillon est prélevé en l’absence de pression sélective des médicaments, il y a de fortes chances que les variants de type sauvage soient détectés au lieu des variants mutants, car ces derniers présentent souvent une capacité de réplication réduite par rapport aux variants de type sauvage et sont donc rapidement surpassés. Une limitation importante des tests de résistance aux médicaments, en particulier la méthode Sanger, est leur manque de fiabilité pour détecter les variants minoritaires. Lorsque les tests sont effectués en l’absence de pression sélective des médicaments (par exemple, quelques semaines après l’infection ou l’interruption du traitement), certains variants résistants déclinent et il est plus probable de détecter un virus de type sauvage et de noter le virus comme sensible à certains ou à tous les médicaments antiviraux. Cependant, les variants résistants restent minoritaires au sein de la population virale ou provirale et ils peuvent rapidement réapparaître dans un régime ultérieur, entraînant l’échec du traitement.
• Cette limitation peut compliquer l’interprétation des tests de résistance, en particulier chez les patients ayant un historique de traitement compliqué. La complexité de cette quasi-espèce peut influencer le succès du traitement d’une manière qui ne peut être prédite par un seul test de résistance aux médicaments. Par conséquent, l’historique des traitements, l’évolution de la charge virale et l’historique de la résistance doivent tous être pris en compte.

La valeur prédictive des tests de résistance aux médicaments est limitée.

• La résistance aux médicaments n’est pas la seule cause d’échec thérapeutique. La non-observance du traitement, l’utilisation de schémas thérapeutiques insuffisamment efficaces, les facteurs pharmacocinétiques qui diminuent les niveaux d’un ou plusieurs médicaments dans un schéma thérapeutique, et potentiellement d’autres facteurs peuvent contribuer à l’échec du traitement.
• La relation entre les mutations de résistance aux médicaments et la réponse clinique reste complexe et difficile à interpréter. Un médicament antiviral peut avoir un certain effet bénéfique sur la charge virale, même en cas de résistance, en raison d’un effet antiviral résiduel, bien que limité, et parce que de nombreux variants résistants aux médicaments ont une capacité de réplication réduite par rapport aux variants sensibles aux médicaments.

Effectuer un test de résistance aux médicaments chez les patients atteints du VIH :

1. Prélever du sang dans un tube EDTA par ponction veineuse (10 ml).
2. Demandez un test de résistance du VIH aux médicaments. 
3. Conserver le tube-mère à température ambiante et l’envoyer dès que possible à un laboratoire clinique. Le plasma doit être isolé dans la journée et conservé à -20°C.

Bien que le plasma EDTA soit l’échantillon le plus approprié pour les tests de résistance aux médicaments, d’autres échantillons tels que le LCR ou le sérum peuvent être utilisés pour certaines indications. Veuillez contacter votre LRS pour plus d’informations.

Le test de résistance aux médicaments du VIH-2 est disponible mais nécessite des tests dédiés (le prélèvement sanguin est cependant le même). Veuillez contacter votre LRS pour plus d’informations.

Les mutations identifiées conduisant à des changements d’acides aminés qui devraient avoir une signification biologique et clinique sont répertoriées pour chaque médicament antiviral et converties en un score de résistance pour chaque médicament spécifique. Ce profil de prédiction de résistance est fourni au spécialiste VIH du patient.

Le sous-typage du VIH-1 basé sur ces séquences est également pertinent pour une utilisation ultérieure lorsque, par exemple, des médicaments injectables sont envisagés.

La modification du traitement ne peut être prescrite que par un spécialiste VIH et ne doit pas être basée uniquement sur le profil de résistance obtenu pour l’échantillon étudié. L’historique du traitement, l’évolution de la charge virale et l’historique de la résistance doivent tous être pris en compte.