Depuis la recommandation du Conseil supérieur de la santé concernant la vaccination du nourrisson contre les gastro-entérites à rotavirus et l’introduction de son remboursement partiel en 2006, une diminution significative du nombre de cas confirmés d’infection à rotavirus a été observée. Depuis 2012, l’épidémiologie du rotavirus semble évoluer en cycles bisannuels, avec une alternance entre saisons épidémiologiques d’activité intense et saisons d’activité faible.

Pour les saisons 2019-2020 et 2020-2021, une tendance toute autre a été observée avec une baisse drastique du nombre de cas, c’est-à-dire 593 cas pour la saison 2019-2020 et 414 cas pour 2020-2021. Avant 2020, le nombre de cas par saison d’intensité faible était plutôt d’environ 1500 cas et pour les saisons d’activité intense d’environ 2500 cas. La baisse drastique est sans doute une conséquence directe de l’épidémie de covid-19 (moindre circulation du rotavirus suite aux gestes barrières, confinements, etc.).

Pour la saison 2019-2020, les souches les plus fréquentes étaient le G2P[4] (27,6%, 26 cas), le G9P[4] (27,6%, 26 cas), le G9P[8] (12,7%, 12 cas), le G3P[8] (11,7%, 11 cas) et le G1P[8] (11,7%, 11 cas). La proportion de cas liés au G9P[4] était remarquablement élevée durant cette saison, alors qu’il était rarement observé avant 2018 et après 2020. Pour la saison 2020-2021, une majorité des cas étaient liés au génotype G2P[4] (62,3% des cas, 33 cas), suivi par le G1P[8] (20,7%, 11 cas).