In het kort
Het Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is het virus dat verantwoordelijk is voor de COVID-19-pandemie. De aanwezigheid van het virus wordt momenteel voornamelijk gedetecteerd door een moleculaire PCR-test. Aangezien het virus in de loop van de tijd kan evolueren, zoals blijkt uit de recente opkomst van nieuwe varianten in het Verenigd Koninkrijk, Zuid-Afrika en Brazilië, is het van groot belang om te evalueren of SARS-CoV-2 nog altijd correct kan worden opgespoord met PCR-methoden. Dit is nodig voor een nauwkeurige COVID-19-diagnose en –surveillance om zo de verspreiding van het virus te beperken.
Projectbeschrijving
Het Severe Acute Respiratory Syndrome related CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2) is het virus dat verantwoordelijk is voor de huidige COronaVIrus Disease 2019-pandemie (COVID-19-pandemie). De gouden standaardmethode voor de diagnose van COVID-19 en de surveillance van SARS-CoV-2 (bv. in afvalwater) is de opsporing van viraal RNA in verschillende stalen door middel van RT-qPCR (Retro Transcription real-time PCR). Het principe van deze test is het opsporen van kleine regio’s in het viraal genoom, specifiek voor SARS-CoV-2, met een set primers en probe.
Deze opsporing is zeer belangrijk:
- om een juiste diagnose te stellen, zodat patiënten de juiste medische hulp kan worden geboden
- voor de bestrijding, beheersing en surveillance van SARS-CoV-2. Het is belangrijk dat positieve gevallen van COVID-19 worden geïdentificeerd.
Virussen veranderen voortdurend door mutaties, en verwacht wordt dat er in de loop van de tijd nieuwe varianten van een virus zullen opduiken. Nieuwe SARS-CoV-2-varianten, die een abnormaal aantal mutaties vertonen, zijn onlangs opgedoken in het Verenigd Koninkrijk, Zuid-Afrika en Brazilië. Deze varianten worden als zorgwekkend beschouwd omdat uit de beoordeling van sommige van de mutaties ervan blijkt dat ze de overdraagbaarheid van het virus vergroten en een potentieel effect hebben op de immunologische respons en de doeltreffendheid van de vaccins. Een ander gevolg van SARS-CoV-2-mutaties is dat, als ze zich in genomische regio’s bevinden waarop de RT-qPCR-tests gericht zijn, dit de doeltreffendheid van de test kan verminderen of ertoe kan leiden dat de test volledig mislukt. Het daaraan verbonden risico is dat patiënten een verkeerde diagnose en niet de juiste zorg krijgen, of niet in quarantaine gaan en zo bijdragen aan de verdere verspreiding van het virus. Daarom is het belangrijk om voortdurend na te gaan of de PCR-methoden die worden gebruikt om SARS-CoV-2 op te sporen, nog goed werken.
In 2020 kon een onderzoeksteam van Sciensano in het kader van het COVIPRIM-project een voorlopige in silico-evaluatie uitvoeren van 30 RT qPCR-primer- en probesets die wereldwijd voor de opsporing van SARS-CoV-2 worden gebruikt, op basis van meer dan 4750 publiek beschikbare genoomsequenties van het virus. In deze studie werd nagegaan of sommige mutaties de correcte opsporing van de op dat ogenblik circulerende SARS-CoV-2-stammen konden beïnvloeden. Aangezien voortdurend nieuwe SARS-CoV-2-sequentiegegevens naar de genoomdatabases worden geüpload (er zijn nu meer dan 400.000 genomen beschikbaar), wordt dezelfde methodologie in 2021 in het kader van dit COVIPRIM_VAR2-project toegepast. Hier evalueren we de doeltreffendheid van de in silico-RT-qPCR-tests op regelmatige basis, vooral in het kader van de opkomende varianten. Bovendien is het belangrijk om na te gaan of op PCR gebaseerde methoden kunnen worden gebruikt, als eerstelijns screeningtests, om deze varianten specifiek en snel te identificeren. Hiertoe levert COVIPRIM_VAR2 evidence-based resultaten. Aan de hand van de duizenden SARS-CoV-2-genomen die al publiek beschikbaar zijn, wordt nagegaan of een specifieke genetische variatie representatief is voor een variant en als doelwit voor een moleculaire methode kan worden gebruikt. Deze informatie wordt vervolgens gedeeld met het DIGICOVID_VAR2-project met het oog op de ontwikkeling van de overeenkomstige dPCR-tests.
