Description du test
Tous les échantillons de selles (et frottis anaux) ainsi que les isolats purs sont d’abord mis en culture. La présence de gènes de Shigatoxine [stx, les 3 variants de stx1 (a, c, d) et les 7 variants de stx2 (a à g)] est mise en évidence par PCR sur la culture bactérienne. En cas de résultat positif, les colonies individuelles sont examinées. Malheureusement, pour environ 30% des cultures positives, il n’est pas possible de démontrer la présence d’une colonie individuelle positive.
Chez les patients atteints de SHU, le nombre de STEC cultivables dans les selles est souvent réduit et de plus ces patients reçoivent souvent des antibiotiques, ce qui rend la culture impossible. Pour poser un diagnostic bactériologique dans les cas de SHU à culture négative, on extrait aussi l’ADN directement de l’échantillon de selles, que l’on teste par PCR pour les gènes des Shigatoxines. Ce test se fait également à partir de frottis anal (échantillon non validé).
But du test
Le but du test est l’isolement des souches d’Escherichia coli productrices de Shiga toxines qui pourront être ensuite caractérisées.
Accessoirement, uniquement pour les cas de SHU, la PCR directe sur les échantillons a pour but de confirmer la présence de STEC lorsque l’isolement a échoué.
Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Les STEC peuvent être détectés dans les cas suivants:
- Patients atteints d’un syndrome hémolytique urémique (HUS), y compris les patients qui n’ont subi aucun épisode antérieur de diarrhée (cela peut surtout s’observer chez les enfants). Veuillez systématiquement à envoyer une selle au laboratoire de référence (ou un frottis anal si le patient n’a pas de selles, mais aussi dans ce cas à envoyer la première selle pour analyse).
- Diarrhée sanglante, colite hémorragique
- Épidémie de diarrhée
- Autres cas de diarrhée si des éléments épidémiologiques suggèrent une infection à STEC.
Toutes les souches STEC qui sont cultivées dans d’autres laboratoires sont acceptées pour confirmation.
Instructions relatives aux échantillons
Echantillons
Note : il est particulièrement important de signaler si le patient souffre d’un SHU ou non.
- Selle (échantillon préféré)
- Frottis anal (accepté uniquement en cas de SHU; envoyer alors systématiquement la première selle par la suite)
- Réisolement primaire sur gélose entérique
- Cultures pures de STEC
Stockage
À 4°C, maximum une semaine.
Instructions relatives au transport
Les échantillons cliniques sont transportés au CNR de préférence dans les 24 heures sans réfrigération. Le matériel appartenant au laboratoire peut être utilisé pour un transport conformément à la norme UN3373.
Les échantillons de selles seront collectés dans un récipient étanche et stérile. Les frottis rectaux seront envoyés dans un milieu de transport. Le CNR ne distribue pas de matériel.
Les souches sont transportées au CNR sans réfrigération. Le matériel (tubes de transport ou milieux solides) appartenant au laboratoire peut être utilisé pour un transport conformément à la norme UN3373. Le CNR ne distribue pas de matériel.
Demandes non acceptées
Indications non acceptées
- Les demandes répétées (sauf si elles sont justifiées, par exemple par la nécessité de prouver un résultat négatif pour la fréquentation d’une communauté vulnérable),
- Les patients asymptomatiques (sauf dans le cadre d’enquêtes sur les épidémies réalisées en concertation avec l’inspecteur de la santé, Sciensano et le CNR)
- Les échantillons pour lesquels aucun formulaire de demande n’a été complété.
Echantillonnage non acceptées
L’échantillonnage se fait de préférence avant de commencer le traitement antibiotique (à éviter étant donné que les antibiotiques peuvent promouvoir le syndrome hémolytique urémique).
Délai pour recevoir le résultat des tests
La culture est réalisée quotidiennement et la PCR chaque jour ouvrable. Un premier résultat est généralement transmis dans les 2 jours ouvrables. En cas de résultat positif, on analysera les colonies individuelles qui seront confirmées et caractérisées (voir ci-dessous). Un résultat complet est transmis dans les 7 jours.
Communication des résultats des tests
- Par courriel sécurisé et par courrier pour le premier résultat positif
- Par courrier pour les résultats complémentaires d’échantillons positifs
- Par courrier pour les résultats négatifs
- Par Medibridge pour les laboratoires et les cliniciens demandeurs qui ont un lien avec l’UZ Brussel.