Genotypage Norovirus

Description du test

Séquençage du norovirus

Objectif du test

Séquençage des deux régions frontalières des cadres de lecture ouverts (ORF) 1 et 2, un point chaud de recombinaison dans le génome du norovirus.

The objective is to detect variants that may be associated with differences in pathogenicity, as well as to record outbreaks.

Critères pour la réalisation de ce test dans le cadre des activités

Réalisé uniquement sur des échantillons de norovirus positifs à la PCR:

• Dans le contexte d’une épidémie de gastro-entérite et lorsque les échantillons analysés donnent une culture bactérienne négative. Un maximum de 5 échantillons est analysé par foyer.
• Surveillance

Instructions pour les échantillons

Type d’échantillons:

• selles (min 1 g)
• vomi (min 1 ml)
• extrait d’ARN (min 20 µl)

Conditions de stockage:

• Frais 2-8°C (maximum 14 jours)
• extrait d’ARN < -17°C

Conditions de transport

• Température ambiante (maximum 18 jours)
• Extrait d’ARN ←17°C
• La durée du transport doit être la plus courte possible
• Expédition dans un conteneur hermétiquement fermé en paquets de 2.

Joindre un bon de commande si le CNR doit fournir le milieu de transport/les conteneurs.

Demandes inacceptables

• Échantillon inapproprié ou insuffisant
• Conditions de transport ou de stockage inappropriées
• Formulaire de demande incomplètement rempli

Délai d’exécution (en fonction de la fréquence des analyses)

Le délai d’exécution effectif dépend du nombre d’échantillons reçus et de l’urgence.

Communication des résultats des tests

Les résultats du diagnostic des norovirus sont communiqués par courrier ou par courriel. Si, à la réception de l’échantillon, il apparaît que celui-ci est tellement endommagé qu’il est impossible de poursuivre l’analyse, le demandeur sera contacté.