Description du test
Description:
- Extraction d’ADN génomique, séquençage via une méthodologie accréditée ISO (laboratoire humide et sec)
- A partir de cette NGS, identification du type de séquençage (ST) et du complexe clonal (CC) des souches de Neisseria meningitidis. réalisée selon la nomenclature disponible sur le site Neisseria MLST (http://pubmlst.org/neisseria/(link is external)).
- cgMLST (core genome MLST) : la séquence d’une série de gènes «core genome» est obtenue par séquençage du génome entier et comparée à une base de données en ligne (http://pubmlst.org/neisseria/(link is external)). La caractérisation des allèles des gènes porA (région hypervariable 1 et 2 (VR1 et VR2)) et du gène fetA de Neisseria meningitidis.
- Les numéros d’allèles sont attribués selon la nomenclature disponible sur le site Neisseria.org (http://neisseria.org/nm/typing/(link is external)).
Résultat:
Ce sous-typage moléculaire de Neisseria meningitidis permet de comparer les souches afin de détecter des clusters géographiques et des épidémies.
But du test
Moleculaire subtypering door NGS, met identificatie van het (cg)MLST type en de sequentie van de genen fetA en porA van Neisseria meningitidis stammen.
Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Ce test est réalisé sur toutes les souches confirmées de Neisseria meningitidis isolées d’un liquide organique stérile normal (liquide lombaire, sang, liquide péritonéal) de patients présentant les symptômes d’une infection aiguë à Neisseria meningitidis (méningite, septicémie, …). Dans le cas où la souche n’a pas été confirmée par culture, l’échantillon peut être envoyé au CNR pour une caractérisation moléculaire.
Instructions relatives aux échantillons
- Type: Le demandeur envoie une souche de Neisseria meningitidis isolée et purifiée inoculée sur un tube de milieu de transport ou une boîte de pétri pour analyse. Le demandeur peut également fournir un échantillon de sang, de sérum ou de liquide céphalo-rachidien en l’absence de culturer.
- Quantité minimale: nihil
Instructions relatives au transport
Pour des raisons de sécurité, les bases doivent être conditionnées dans un double emballage de protection et conservées à température ambiante. Le transport frigorifique doit être absolument évité. Le récipient doit être hermétiquement fermé.
Demandes non acceptées
Pas d’application.
Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d’analyse)
- Délai: 20 jours ouvrables
- Jours d’analyse: Tous les jours de la semaine (sauf jours fériés, week-ends prolongés et période entre Noël et Nouvel An).
Communication des résultats des tests
Le rapport d’analyse est envoyé de la manière souhaitée par le demandeur.