Objectif du test
Utilisation clinique
Détection de la résistance antivirale chez les patients infectés par le virus de l’herpès humain 6A (HHV-6A) et 6B (HHV-6B).
Contexte clinique
Les virus de l’herpès humain 6A et 6B (HHV-6A et HHV-6B) sont des virus herpétiques génétiquement apparentés appartenant au genre Roseolovirus de la sous-famille des beta-herpesvirinae. Malgré une forte identité de séquence génétique (~90%), HHV-6A et HHV-6B sont reconnus comme deux espèces distinctes. La divergence de séquence (par exemple, >30%) dans les régions clés de codage et des différences importantes dans les propriétés physiologiques et biochimiques (comme l’utilisation de récepteurs différents pour l’entrée virale) soulignent la conclusion que HHV-6A et HHV-6B sont des virus distincts du β-herpesvirinae. Ces virus sont ubiquistes à travers le monde et sont responsables d’infections latentes à vie, généralement asymptomatiques dans la population adulte. La maladie symptomatique est souvent observée chez les nourrissons ou les patients immunodéprimés qui réactivent le virus à partir de la latence. L’infection primaire par HHV-6B est responsable d’une maladie bénigne et courante de l’enfance, l’exanthème subit, également connu sous le nom de roséole infantile ou sixième maladie.
Une caractéristique unique du HHV-6 est l’intégration covalente de son ADN génomique dans les télomères des chromosomes cellulaires [c’est-à-dire HHV-6 intégré chromosomiquement, ciHHV-6] dans chaque cellule du corps, et la transmission se fait par héritage mendélien. Bien que rare (dans environ 1% de la population), cela constitue un facteur perturbateur pour le diagnostic de l’infection virale active et la réponse au traitement antiviral.
HHV-6A et HHV-6B sont des agents pathogènes opportunistes chez les hôtes immunodéprimés, et leur réactivation ou réinfection peut entraîner des maladies graves, telles que l’encéphalite, la colite, la pneumonite, l’hépatite, la suppression de la moelle osseuse, la pneumonite interstitielle, la myélite et l’éruption cutanée.
Le ganciclovir, le foscarnet et le cidofovir sont connus pour inhiber la réplication du HHV-6 in vitro, mais à ce jour, aucun médicament n’a été formellement approuvé pour traiter les maladies graves chez les hôtes immunodéprimés. Il n’est pas recommandé de suivre un traitement prophylactique ou préventif pour prévenir la réactivation du HHV-6 ou l’encéphalite après une transplantation. Le ganciclovir, le foscarnet et éventuellement le cidofovir peuvent être utilisés pour gérer les maladies graves du HHV-6 chez les individus immunodéprimés, en particulier ceux souffrant d’encéphalite HHV-6. Ces trois agents antiviraux montrent la même efficacité contre HHV-6A et HHV-6B in vitro, les mécanismes d’activité antivirale étant similaires pour le HCMV et le HHV-6.
Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
Des études in vitro soutiennent le potentiel de développement de résistance à HHV-6A ou HHV-6B contre les agents antiviraux mentionnés ci-dessus, bien que très peu d’études aient trouvé des isolats résistants après une exposition prolongée en milieu clinique. Bien que le traitement par (val)ganciclovir pour la maladie à CMV n’ait pas conduit à l’émergence de mutants résistants au médicament chez les patients transplantés d’organes solides après une grande étude prospective, il convient de considérer que la résistance médicamenteuse du HHV-6 peut émerger après une prophylaxie prolongée ou un traitement de la maladie à CMV avec le ganciclovir. Les patients présentant une encéphalite à HHV-6 ne répondant pas au traitement antiviral doivent être rapidement testés pour l’émergence de la résistance aux médicaments.
Détails du test
Inclut :
- Résistance au (Val)ganciclovir : mutations dans les gènes de la protéine kinase U69 et de la polymérase U38 de HHV-6A ou HHV-6B.
- Résistance au cidofovir : mutations dans le gène de la polymérase U38 de HHV-6A ou HHV-6B.
- Résistance au foscarnet : mutations dans le gène de la polymérase U38 de HHV-6A ou HHV-6B.
Description du test
1. Extraction de l’ADN de l’échantillon.
2. Amplification des gènes viraux impliqués dans la résistance médicamenteuse par PCR en fonction du traitement administré au patient.
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HHV-6A/6B gene |
HHV-6A/6B encoded protein |
Function / drug target |
Codons sequenced (partial or complete gene sequence) |
Drug(s) for which resistance is predicted |
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U69 |
U69 protein kinase |
Involved in ganciclovir activation |
1-563 (complete sequence) |
(Val)ganciclovir |
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U38 |
DNA polymerase |
Target of ganciclovir, foscarnet, cidofovir |
250-800 ( partial sequence) |
(Val)ganciclovir, foscarnet, cidofovir |
3. Séquençage direct des amplicons par séquençage Sanger dideoxy, avec une limite de détection des sous-populations mutants virales de 20%-30%.
4. Alignement des séquences (les séquences dérivées de l’échantillon du patient sont alignées avec les séquences de référence de la souche HHV-6A GS ou HHV-6B Z29).
5. Les mutations détectées sont comparées à une base de données de mutations connues associées à la résistance médicamenteuse ou aux polymorphismes naturels (variabilité inter-souches) pour déterminer si l’infection par HHV-6A/6B est due à une résistance virale aux médicaments.
Interprétation des résultats
Les résultats comprennent une liste des mutations détectées et leur association avec la résistance à chaque médicament spécifié, la variabilité inter-souches ou une signification imprévisible (changements nouveaux). En fonction du génotype viral, des options thérapeutiques alternatives sont suggérées.
Un résultat de génotypage non disponible ou incomplet indique que tous les amplicons viraux n’ont pas pu être amplifiés et séquencés. Cela peut être dû à une charge virale insuffisante, à la qualité de l’échantillon (conditions de stockage et de transport, âge de l’échantillon), et/ou à la présence d’inhibiteurs de la réaction en chaîne par polymérase.
Limitations des tests génotypiques pour la résistance médicamenteuse de HHV-6A/6B
- Les résultats des tests ne détectent pas les mutations présentes dans 20-30% de la population virale.
- Les tests sont les plus fiables si la charge virale de l’échantillon est d’au moins 3 log10 UI/ml (1 000 UI/ml). Les résultats pour les échantillons avec des charges virales plus faibles doivent être interprétés avec prudence et confirmés par un nouvel échantillon.
- En raison de la possibilité d’artefacts génotypiques, en particulier dans les populations mutantes mixtes d’échantillons avec une faible charge virale, il est recommandé de refaire le test sur un nouvel échantillon.
Instructions pour les échantillons et le transport
https://rega.kuleuven.be/regavir/shipping
Demandes inacceptables
- Échantillon inapproprié ou insuffisant.
- Transport ou stockage incorrect de l’échantillon.
- Formulaire de demande de test non entièrement complété sans spécifier le virus pour lequel la résistance aux médicaments doit être investiguée.
Délai de traitement (et fréquence des analyses)
Fréquence des analyses: chaque jour ouvrable, pendant les heures de travail.
Délai de réponse: 3-5 jours ouvrables.
Rapport des résultats des tests
Les résultats seront envoyés par e-mail selon les souhaits du laboratoire ou du médecin demandeur.