En bref
D’innombrables mécanismes génétiques peuvent induire chez les bactéries une résistance aux antibiotiques. Afin de pouvoir surveiller précisément cette pharmacorésistance, il est essentiel d’identifier le ou les gène(s) impliqué(s). Certains d’entre eux peuvent, via des éléments mobiles, passer d’une bactérie à une autre, et donc rapidement propager une résistance aux antibiotiques.
Dans ce projet, nous souhaitons développer des méthodes de dépistage « multiplexes », afin d’identifier précisément le mécanisme responsable d’une résistance observée. Cette approche ciblée couvre les bactéries d’origine animale, alimentaire et humaine, de manière à cartographier la circulation des gènes de résistance aux antibiotiques à l’échelle nationale et sectorielle.
Description du projet
Le développement de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRA) pose un grave problème de santé publique. Ce phénomène s’explique par l’usage intensif d’antibiotiques chez l’homme et les animaux destinés à la production d’aliments ; le déplacement et le commerce intensif d’animaux au sein de l’UE contribuent quant à eux à sa propagation.
Des laboratoires de santé publique surveillent les types de gènes de pharmacorésistance en circulation. La présence et la propagation de ces derniers font l’objet d’un suivi, à travers la caractérisation systématique du profil de résistance de bactéries commensales et pathogènes isolées dans différents contextes.
Les futurs programmes de surveillance bénéficieraient grandement de données génétiques plus détaillées sur l’antibiorésistance.
Actuellement, la caractérisation génétique s’appuie sur une approche PCR pouvant seulement caractérisé un gène à la fois. Il est possible de déterminer la séquence génomique complète du pathogène mais c’est encore très couteux. Par conséquent, il est clairement indispensable de mettre en place une méthode d’analyse moins coûteuse, avec un système global à la fois simple d’utilisation et hautement sensible qui puisse rivaliser avec les technologies de séquençage du génome entier, en guise d’alternative de routine abordable à l’approche évoquée ci-dessus.
Dans ce contexte, nous mettons au point et validons des tests de génotypage à bas coût (<5 €/échantillon) pour :
- Les β-lactamases ;
- Les mécanismes de résistance à la fluoroquinolone chez les bactéries Salmonella et Shigella
- Le typage de plasmides.
La méthode présentée repose sur une procédure PCR-ligature d’oligonucléotides multiplexe (PCR-LOM) et sur l’utilisation de microsphères MagPlexTM-TAG aux fins de détection de bactéries.
