En bref
Les technologies d’extraction à haut débit peuvent améliorer notre compréhension de l’interaction entre les microbes, les hôtes et l’environnement. Toutefois, les avantages de ces technologies doivent être évalués avant qu’elles ne puissent passer du stade « instruments de recherche » au stade de « routines de santé publique ». Dans ce contexte, le séquençage de nouvelle génération et le séquençage génomique complet seront mis en place, validés et appliqués afin d’améliorer les outils utilisés pour la caractérisation génétique des souches du virus de la grippe, la détection de nouveaux sous-types de virus de la grippe ainsi que d’autres virus respiratoires.
Description du projet
Les virus de la grippe évoluent très rapidement, entraînant l’émergence de mutants qui échappent à l’immunité et qui sont antigéniquement différents des souches vaccinales. Ceci est dû à de petites mutations dans les gènes de l’hémagglutinine (HA) et de la neuraminidase (NA) qui rendent la protéine méconnaissable à l’immunité préexistante de l’hôte. Cela explique pourquoi l’homme peut être infecté plusieurs fois par les virus de la grippe et pourquoi le vaccin doit être adapté chaque saison.
Les antiviraux actuellement largement utilisés sont des inhibiteurs de la neuraminidase (INA) actifs contre la grippe A et B. Le développement et la dissémination de la résistance aux médicaments constituent une menace importante pour l’utilité clinique de ces antiviraux. Les virus de la grippe qui présentent une sensibilité réduite aux INA contiennent généralement des mutations dans la NA qui modifient directement ou indirectement la forme du site catalytique de la neuraminidase, réduisant ainsi la capacité de liaison des inhibiteurs. Par exemple, la mutation Y275H dans N1 est associée aux souches de la grippe qui peuvent développer une résistance phénotypique à ces antiviraux, et donc devenir moins sensibles à leur activité inhibitrice. L’émergence et la propagation au niveau mondial des virus saisonniers de la grippe A(H1N1) résistants à l’oseltamivir au cours des saisons 2007-2009, soulignent la nécessité d’une surveillance continue des sensibilités aux médicaments antiviraux. D’autres mutations associées à la résistance aux antiviraux ont également été décrites pour les virus de la grippe A(H3N2) et de la grippe B.
Nous évaluons l’utilisation du séquençage de nouvelle génération pour le séquençage génomique complet du virus de la grippe ou le séquençage ciblé (par ex. HA, NA), y compris l’analyse des variantes génétiques mineures dans la population de la quasi-espèce d’ARN viral, pour la caractérisation à haute résolution des souches de la grippe et l’identification des variantes de la dérive génétique des virus de la grippe pendant toute la saison de la grippe, et pour surveiller les mutations potentielles associées à la résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase.
Nous évaluerons également l’utilisation du séquençage de nouvelle génération pour la métagénomique virale en tant qu’outil de détection ouvert et non ciblé permettant l’identification de tout virus, y compris les virus émergents (ex. nouveaux sous-types des virus de la grippe A et B) ou de nouveaux pathogènes et de virus inattendus dans les échantillons respiratoires.
