FLUPOUL - Étude des causes de la forte prévalence de la résistance aux fluoroquinolones chez les poulets de chair

Dans le contexte de la lutte contre la résistance aux antibiotiques, une nouvelle législation de 2016 a interdit et rationalisé l’utilisation d’antibiotiques d’importance critique, comme les (fluoro)quinolones (FQ), chez les animaux producteurs d’aliments. Malgré la faible utilisation des fluoroquinolones (FQ) dans la production de poulets de chair, une forte prévalence de résistance aux FQ est observée chez E. coli commensale dans les poulets de chair. L’origine de cette résistance n’est pas claire. Ce projet vise à répondre à différentes questions de recherche :

• Dans quelle mesure des résidus de FQ peuvent-ils être trouvés dans les plumes des poulets de chair et de leurs parents ? Quel est le contexte génétique des souches d’E. coli résistantes au FQ dans les poulets de chair ?
• Quelles sont les causes de la résistance élevée inattendue aux FQ chez E. coli chez les poulets de chair ?
• Quels facteurs de risque influent sur l’occurrence de la résistance aux FQ et sont responsables du maintien de la résistance au sein de la population ? Quels mécanismes de corésistance peut-on trouver et comment peuvent-ils être associés à l’occurrence de la résistance aux FQ ? Dans quelle mesure la résistance aux FQ peut-elle être transférée à travers la chaîne de production des cheptels parentaux aux couvoirs et aux élevages de poulets de chair ? Quel est le rôle de l’environnement dans la propagation de la résistance aux FQ ? 
• L’occurrence de la résistance aux FQ chez E. coli commensale est-elle une source possible de propagation de la résistance aux FQ chez Campylobacter spp. et Salmonella spp. ?

Une étude transversale sur les élevages de poulets de chair examinera dans quelle mesure l’environnement est une source de propagation de la résistance aux FQ chez les poulets de chair et si des souches d’E. coli résistantes au FQ peuvent déjà être trouvées dans l’environnement avant même que les poussins ne soient présents à la ferme. En outre, l’objectif est également d’examiner comment la dynamique de la propagation de la résistance aux FQ se développe dans un cheptel de poulets de chair et quels facteurs l’influencent. Par la suite, une étude longitudinale examinera dans quelle mesure la résistance aux FQ est transférée à travers la chaîne, depuis les fermes de cheptels parentaux jusqu’aux couvoirs et aux élevages de poulets de chair. Une analyse bactériologique approfondie, y compris un séquençage du génome entier, vise à examiner les propriétés phénotypiques et génotypiques de la bactérie afin de trouver des associations pouvant expliquer la prévalence élevée. En outre, une méthode analytique est mise en place pour détecter des résidus de (fluoro)quinolones dans les plumes des poulets de chair afin de déterminer dans quelle mesure des résidus de (fluoro)quinolones demeurent dans les plumes des poulets de chair et de leurs parents, et ceci pour être en mesure d’exclure avec certitude qu’aucune utilisation de (fluoro)quinolones n’est à la base de la résistance aux FQ.