CLIMPATHIC - Stratégie de surveillance génomique des agents pathogènes dans les eaux usées

Ce projet vise à aborder l’intersection critique du changement climatique et de la surveillance des agents pathogènes en reconnaissant l’incidence importante de l’évolution des conditions environnementales sur la propagation des maladies. Ce projet est axé sur les eaux usées en tant qu’outil précieux de surveillance des agents pathogènes. Ces outils offrent une approche novatrice pour combler les lacunes des systèmes de surveillance des agents pathogènes (ré)émergents dans le contexte du changement climatique. 

C’est pourquoi Sciensano, en collaboration avec l’Institut Pasteur du Cambodge et l’Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, propose de mettre au point des outils de surveillance génomique au travers d’une étude pilote axée sur le norovirus et la dengue. Ce projet a les objectifs suivants :

1. Hiérarchisation des agents pathogènes et élaboration d’une base de données : Nous procèderons à une analyse complète de la littérature afin d’identifier et de hiérarchiser les agents pathogènes influencés par le changement climatique. En outre, nous construirons une base de données à l’aide de données du génome entier de ces agents pathogènes.
2. Mise au point de stratégies de détection : Nous mettrons en place et évaluerons des stratégies de détection à trois niveaux. En premier lieu, nous nous concentrerons sur les méthodes (RT-)qPCR et (RT-)ddPCR afin de détecter et de quantifier les virus dans les eaux usées. Deuxièmement, nous élaborerons des approches de séquençage ciblées qui permettront de caractériser le pathogène jusqu’à la souche et de recueillir des informations sur les gènes de virulence ou d’échappement vaccinal. Enfin, nous explorerons les approches métagénomiques pour permettre la détection de tout type de pathogène. 
3. Application de ces méthodes aux échantillons d’eaux usées : Nous collecterons des échantillons d’eaux usées en différents endroits et les méthodes développées seront appliquées pour détecter et analyser le norovirus et la dengue. 

Les résultats de ce projet combleront les lacunes des systèmes de surveillance des agents pathogènes liés au changement climatique en proposant des outils de détection précoce, de caractérisation et de suivi des maladies dans le contexte de l’évolution des conditions environnementales.