Genotypering via whole genome sequencing

Beschrijving van de test

Omschrijving:

• Extractie van genomisch DNA, sequencing via ISO geaccrediteerde methodology (zowel wet als dry lab)
• Uit deze NGS, wordt de identificatie van het “sequencing type” (ST) en het “clonal complex” (CC) van Neisseria meningitidis stammen. uitgevoerd volgens de nomenclatuur beschikbaar op de website Neisseria MLST (http://pubmlst.org/neisseria/(externe link)). 
• cgMLST (core genome MLST): De sequentie van een reeks “kern genoom”-genen wordt bekomen via Whole genome sequencing en vergeleken met een online databank (http://pubmlst.org/neisseria/(externe link)).
• De karakterisering van de allelen van de genen porA (hypervariabele regio 1 en 2 (VR1 en VR2)) en van gen fetA van Neisseria meningitidis. De nummers van de allelen worden toegekend volgens de nomenclatuur zoals beschikbaar op de website Neisseria.org (http://neisseria.org/nm/typing/(externe link)​).

Resultaat:
Deze moleculaire subtypering van Neisseria meningitidis laat toe de stammen te vergelijken om op deze manier geografische clusters en epidemieën te detecteren.

Doel van de test

Moleculaire subtypering door NGS, met identificatie van het (cg)MLST type en de sequentie van de genen fetA en porA van Neisseria meningitidis stammen.

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten

Deze test wordt uitgevoerd op alle bevestigde Neisseria meningitidis stammen geïsoleerd uit een normaal steriele lichaamsvloeistof (lumbaal vocht, bloed, peritoneaal vocht) van patiënten die de symptomen van een acute Neisseria meningitidis infectie (meningitis, sepsis, …) vertonen. In het geval dat de stam niet bevestigd werd door kweek, mag het staal worden opgestuurd naar het NRC voor moleculaire karakterisering.

Instructies voor stalen

• Type: De aanvrager stuurt een geïsoleerde en opgezuiverde Neisseria meningitidis stam geënt op een tube transportmedium of petriplaat ter analyse. De aanvrager mag ook een staal van bloed, serum of cerebrospinale vloeistof aanleveren bij afwezigheid van cultuur.
• Minimale hoeveelheid:  nihil

Instructies voor het transport

Om veiligheidsredenen moeten de bodems in een dubbele beschermcontainer verpakt zijn en op kamertemperatuur worden bewaard. Gekoeld transport moet absoluut vermeden worden. Het recipiënt moet hermetisch gesloten zijn.

Onaanvaardbare aanvragen

Niet van toepassing. 

Turn around time (en de frequentie van analyse)

• Doorlooptijd: 20 werkdagen
• Analysedagen: Elke weekdag (uitgezonderd: feestdagen, verlengde weekends en de periode tussen Kerstmis en nieuwjaar).

Rapportering van testresultaten

This analysis is carried out as part of surveillance. If the applicant requires a report of this analysis, the NRC is best contacted by telephone or electronically . The analysis report will then be sent in the manner desired by the applicant.