Caractérisation épidémiologique des STEC par WGS

Description du test

Le séquençage du génome complet (WGS – whole genome sequencing) est effectué sur les souches STEC afin de compléter les résultats du premier typage systématique.

Typage basé sur le WGS :

• Serotype E. coli O:H
• Autres variants du gène stx (stx1 a, c, d et stx2b, c, e, g)
• Gènes entéroagrégatifs aaiC et aggR
• ehxA : entérohémolysine
• core genome multilocus sequence typing (cgMLST) séquençotype (ST)

But du test

Contribution à l’étude épidémiologique des infections STEC.

Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence

• Souches STEC positives pour stx2 (sauf stx2f)
• Souches STEC provenant de cas de SHU
• Souches STEC provenant d’une épidémie
• Souches STEC de sérotypes O26 et O157

Remarque: le WGS peut être réalisé sur demande pour des critères différents de ceux mentionnés ci-dessus. Veuillez contacter le CNR à ce sujet.

Instructions relatives aux échantillons

Non applicable

Instructions relatives au transport

Non applicable

Demandes non acceptées

Non applicable

Turn around time (en frequentie van analyse)

1 mois

Remarque: La fréquence de la réalisation dépend de la situation épidémiologique.

Communication des résultats des tests

• Le cgMLST ST est envoyé par courrier
• Rapportage global des résultats complémentaires dans le rapport annuel
• Des résultats intermédiaires sont envoyés à l’ECDC par l’intermédiaire de Sciensano