Last updated on 10-6-2025 by Amber Van Laer
Beschrijving van de test
Whole-genome sequencing (WGS) wordt uitgevoerd op STEC isolaten om de resultaten van de systematische typering aan te vullen.
WGS-gebaseerde typering:
- O:H-type
- Overige varianten van het stx gen (stx1a, c, d en stx2b, c, e, g)
- aaiC en aggR: enteroaggregatieve genen
- ehxA: enterohemolysine
- core genome multilocus sequence typing (cgMLST) sequentie type (ST)
Doel van de test
Bijdrage tot studie van de epidemiologie van STEC infecties.
Criteria om deze test uit te voeren in het kader van de referentieactiviteiten
- STEC stammen positief voor stx2 met uitzondering van stx2f
- STEC stammen van HUS gevallen
- STEC stammen van uitbraken
- STEC stammen behorende tot serotype O26 en O157
Noot: WGS kan op verzoek uitgevoerd worden voor andere dan hierboven vermeldde criteria. Gelieve hiervoor contact op te nemen met het NRC.
Instructies voor stalen
Niet van toepassing
Instructies voor transport
Niet van toepassing
Onaanvaardbare aanvragen
Niet van toepassing
Turn around time (en frequentie van analyse)
1 maand
Noot: De frequentie van uitvoering hangt af van de epidemiologische situatie.
Rapportering van testresultaten
- Het cgMLST ST wordt via de post gerapporteerd
- Globale rapportering van aanvullende testresultaten in jaarverslag
- Tussentijdse resultaten worden verzonden naar de ECDC (via Sciensano)
Accreditatie
Is the analysis accredited?
Associated certificate(s):
Materials and methods
Material(s):
Method reference:
-
Request forms
URL to form(s):
Analysis categories
Medical