Investigation de l'épidémie : Analyse MLVA (MultiLocus Variable number tandem repeat Analysis) ou typage basé sur Whole genome sequencing (WGS)

Description du test

• MLVA : La technique de typage appelée MLVA (MultiLocus Variable number tandem repeat Analysis) permet une analyse plus discriminante des souches de Clostridioides difficile comparé à la technique de ribotypage, ce qui permet de distinguer des clones au sein d’un même ribotype. Elle est basée sur l’existence sur le chromosome de C.difficile d’une série de séquences d’ADN répétées en tandem situées à de nombreux endroits différents dans le génome bactérien. Ces régions sont appelées loci. Plusieurs de ces loci, choisis pour leur pouvoir discriminant, sont amplifiés et les tailles des amplicons sont mesurées par électrophorèse capillaire. Lorsque la longueur d’un élément répétitif est connue, on peut calculer le nombre de répétitions.
• WGS : La technique de typage par WGS (Whole genome sequencing) permet une analyse encore plus discriminante des souches de Clostridioides difficile comparé à la technique de ribotypage et de MLVA. Par rapport au MLST (MultiLocus Sequencing Typing) classique pour lequel un nombre limité de gènes (6 ou 7) est considéré, le typage gène par gène (cg- ou wg-) MLST permet de comparer les variations génétiques du core-génome (partie conservée du génome) (cgMLST) ou du génome entier (wgMLST), soit plusieurs centaines ou milliers de gènes.

N.B. Accréditation MLVA: Oui — Accrediation WGS: Non

But du test

Ces techniques sont appliquées en cas d’épidémie hospitalière.

Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence.

APRES AVOIR PRIS CONTACT AVEC LE LABORATOIRE 

Instructions pour les échantillons

La souche doit être en culture pure. Elle doit être fraîchement ensemencée sur un milieu approprié. Milieux recommandés : gélose profonde, boîte au sang sous sachet de type Anaerogen Compact (Oxoid), Anaerocult p (Merck) ou système similaire, milieux préréduits, thioglycolate ou tubes genre « port a cul ». Bien qu’il soit recommandé d’envoyer des cultures, le CNR accepte également l’envoi d’échantillons de selles.

Instructions pour le transport

• Le transport se fait de préférence dans des conditions d’anaérobiose. Transport à température ambiante si l’échantillon arrive au labo dans les 6 heures qui suivent le prélèvement ou réfrigéré dans un délai inférieur à 72 heures (dépassé ce délai, les selles peuvent être congelées à -20°C). Veiller à bien fermer les tubes pour éviter les “fuites”; à cette fin vous pouvez envelopper le tube bouché dans du parafilm.
• L’échantillon est emballé avec un matériel absorbant dans un étui de« transportblister ». Cet emballage secondaire peut également être un sac plastique à fermeture à glissière. Le tout est ensuite placé dans une enveloppe ou une boîte.
• Les directives actuelles demandent que l’emballage extérieur porte le sigle suivant: UN3373 Biological Substance category B.
• Aucun matériel de prélèvement n’est prévu par le CNR. 

Demandes non acceptées

• Échantillon abîmé ou ayant coulé dans l’emballage.
• Les échantillons pour lesquels il manque des informations.

Délai pour recevoir le résultat d’analyse (et fréquence d’analyse)

• Variable, en fonction des demandes (maximum 3 mois). En cas de demandes urgentes, merci de contacter le laboratoire avant l’envoi des souches.
• Le laboratoire expéditeur sera informé par le CNR si la demande n’est pas considérée justifiée.

Communication des résultats des tests

• Par courrier.
• Si explicitement demandé sur le formulaire de demande, par fax ou E-mail.