Uitbraakonderzoek: MLVA (MultiLocus Variable number tandem repeat Analysis) of Whole-genome-sequencing (WGS)-gebaseerde typering

Beschrijving van de test

• MLVA: De MLVA (MultiLocus Variable number tandem repeat Analysis) typeringstechniek biedt een meer discriminerende analyse van Clostridioides difficile stammen dan de ribotyperingstechniek, waardoor het mogelijk is om onderscheid te maken tussen klonen binnen hetzelfde ribotype. De techniek is gebaseerd op het bestaan op het chromosoom van C.difficile van een reeks tandemlijk herhaalde DNA-sequenties die zich op veel verschillende plaatsen in het bacteriële genoom bevinden. Deze gebieden worden loci genoemd. Verschillende van deze loci, gekozen vanwege hun onderscheidend vermogen, worden geamplificeerd en de grootte van de amplicons wordt gemeten door capillaire elektroforese. Als de lengte van een herhalingselement bekend is, kan het aantal herhalingen worden berekend.
• WGS: De WGS-typeringstechniek (Whole Genome Sequencing) biedt een nog meer discriminerende analyse van Clostridioides difficile-stammen dan de ribotypering- en MLVA-technieken. Vergeleken met conventionele MLST (MultiLocus Sequencing Typing), waarvoor een beperkt aantal genen (6 of 7) in beschouwing wordt genomen, maakt gen-voor-gen (cg- of wg-) MLST-typering het mogelijk om genetische variaties in het kerngenoom (geconserveerd deel van het genoom) (cgMLST) of het hele genoom (wgMLST), d.w.z. enkele honderden of duizenden genen, te vergelijken.

N.B. MLVA analysis is accreditated, WGS is not accreditated.

Doel van de test

Deze technieken worden toegepast in het geval van een ziekenhuisepidemie.

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten.

Na contact opgenomen te hebben met het laboratorium.

Instructies voor monsters

De stam moet als reincultuur worden aangeleverd en vers uitgeënt zijn op een geschikt medium. Geschikte media zijn: diepe gelose, bloedplaat anaeroob verpakt van type Anaerogen Compact (Oxoid), Anaerocult p (Merck) of andere dergelijke methodes, gereduceerde media, thioglycolaat of buisjes van het type « port a cul ». Hoewel het wordt aanbevolen om kweken op te sturen, accepteert het NRC ook stoelgangstalen.

Instructies voor het transport

• Transport kan het best gebeuren onder anaerobe omstandigheden. Vervoer bij kamertemperatuur als het monster binnen 6 uur na afname in het lab aankomt, of gekoeld binnen 72 uur (daarna kan de ontlasting worden ingevroren bij -20°C). Zorg ervoor dat de buisjes goed gesloten zijn om „lekken” te voorkomen; hiertoe kunt u het gesloten buisje in parafilm wikkelen.
• Het monster wordt met absorberend materiaal in een transportblisterverpakking verpakt. Deze secundaire verpakking kan ook een plastic zip-lock zakje zijn. Deze wordt dan in een enveloppe of doos gedaan.
• Volgens de geldende richtlijnen moet op de buitenverpakking het volgende symbool worden aangebracht: UN3373 Biologische stof categorie B.
• Het NRC stelt geen materiaal voor staalafname ter beschikking.

Onaanvaardbare aanvragen

• Monsters die beschadigd zijn of gelekt hebben in de verpakking.
• Monsters met ontbrekende informatie.

Turn around time (en de frequentie van analyse)

• Variabel, afhankelijk van de aanvragen (maximaal 3 maanden). Neem voor dringende verzoeken contact op met het laboratorium voordat u de stammen verstuurt.
• Het verzendende laboratorium wordt door het NRC op de hoogte gesteld als het verzoek niet gerechtvaardigd wordt geacht.

Rapportering van testresultaten

• Per post.
• Indien uitdrukkelijk gevraagd op het aanvraagformulier, per fax of e-mail.