Rotavirus RT-PCR et séquençage (activité du centre de référence)

Description du test

RT-PCR et séquençage de VP7 et VP4

But du test
 

• PCR sur VP7 : amplification du gène VP7  et VP4 du rotavirus.
• Séquençage de VP7 et VP4 : afin de déterminer le génotype G et le génotype P du rotavirus infectieux et d’établir la distinction entre les souches de rotavirus du vaccin et celles de type sauvage.

Critères pour effectuer ce test dans le cadre des activités de référence
 

• Les génotypes G et P des rotavirus peuvent être déterminés par séquençage de souches de rotavirus à partir d’échantillons déjà diagnostiqués comme rotavirus positifs par l’expéditeur. En particulier, il est recommandé d’envoyer des échantillons d’enfants positifs pour le rotavirus avec une gastro-entérite même s’ils sont entièrement vaccinés avec RotarixTM ou RotaTeqTM, afin de déterminer les génotypes G et P.

Instructions sur les échantillons
 

• Échantillonnage : Les échantillons fécaux doivent être prélevés dans des récipients de matières fécales et étiquetés correctement. Préférentiellement 1 g (≈ 1000µl) ou plus doit être envoyé. Les échantillons doivent être d’au moins de 0,1 g (≈ 100µl).
• Conditions de conservation : les rotavirus peuvent survivre dans les matières fécales pendant une période prolongée à température ambiante, il est recommandé de préserver les échantillons à 2-8°C (ou -20°C si possible) jusqu’à l’expédition. Les échantillons fécaux peuvent être envoyés au CNR par courrier ordinaire ou par transport refroidi dans un emballage scellé correctement.

Instructions sur le transport
 

• Des conditions de transport : l’échantillon fécal peut être envoyé au CNR par courrier ordinaire ou transport refroidi dans un emballage scellé correctement. Veuillez éviter d’envoyer des échantillons à la fin de la semaine afin d’éviter de garder l’échantillon plusieurs jours à température ambiante durant le week-end.
• Spécifications du milieu de transport : aucun moyen de transport spécifique requis.

Demandes non acceptées
 

• Échantillon insuffisant
• ​Formulaire de demande non rempli. Celui-ci est absolument nécessaire. Un grand effort devrait être fait pour obtenir des données cliniques minimales, en particulier le statut vaccinal du patient.

Délai pour recevoir le résultat des tests (et fréquence d’analyse)

RT-PCR et analyse de séquences: Analyse de Barch, fin de saison (contexte épidémiologique) 

Communication des résultats des tests

Les résultats sont envoyés en fonction de la demande du laboratoire ou du médecin demandeur par courriel et/ou fax.