Rotavirus RT-PCR en sequentiebepaling (referentiecentrum activiteit)

Beschrijving van de test

RT-PCR en sequentiebepaling van VP7 en VP4 

Doel van de test 
 

• PCR’s van VP7 en VP4: amplificatie van het VP7 gen en het VP4 gen van rotavirus.
• Sequentieanalyse van VP7 en VP4: om het G-genotype en het P-genotype van infectieus rotavirus te bepalen, en om het onderscheid tussen het vaccin en wild type rotavirus stammen te bepalen.

Criteria voor het uitvoeren van deze test in het kader van de referentie activiteiten. 

Het rotavirus G en P-genotype kan worden bepaald door sequentieanalyse van rotavirus stammen uit monsters eerder gediagnosticeerd als rotavirus positief door de afzender. Het is voornamelijk aangeraden om monsters van rotavirus positieve kinderen met een gastro-enteritis, ondanks volledige inenting met RotarixTM of RotaTeqTM , te versturen om de G- en P-genotypen te bepalen.

Instructies voor monsters 
 

• Staalafname: feces monsters moeten in goed geëtiketteerde feces recipiënten worden afgenomen. Bij voorkeur moet 1 g (≈ 1000µl) of meer verzonden worden. De minimale hoeveelheid monster is 0,1 g (≈ 100µl).
• Bewaarcondities: Hoewel rotavirus een lange tijd in feces bij kamertemperatuur kan overleven, is het raadzaam om de monsters bij 2-8°C te stockeren, (of -20°C indien mogelijk) tot verzending. Het feces monster kan per post of gekoeld naar het NRC verzonden worden in een hermetisch gesloten verpakking.  

Instructies voor het transport 
 

• Vervoer voorwaarden: feces monsters kunnen per gewone post naar het NRC verzonden worden of gekoeld in een hermetisch gesloten verpakking. Vermijd verzenden van monsters bij het einde van de week om te voorkomen dat de monsters meerdere dagen bij kamertemperatuur verblijven tijdens het weekend.
• Specificaties van transportmedium: geen specifiek transportmedium is vereist. 

Onaanvaardbare aanvragen 
 

• Onvoldoende monster
• Aanvraagformulier niet volledig ingevuld. Dit is absoluut noodzakelijk. Uiterste inspanning moet worden gedaan om minimale klinische gegevens, met inbegrip van vaccinatiestatus van de patiënt te verkrijgen. 

Turn around time (en de frequentie van analyse) 

RT-PCR en sequentieanalyse: Barchanalyse, einde seizoen (epidemiologische context) 

Rapportering van testresultaten 

Resultaten zullen volgens de wensen van het aanvragend laboratorium of geneesheer via brief, email en/of fax verzonden worden.